هاوکینگ در سال آخر تحصیل در آکسفورد در پاگرد پله‌ها زمین‌خورده و سرش به زمین اصابت کرده بود؛ در نتیجه، اندکی حافظه‌اش را از دست داده بود. این اتفاق‌ها چندبار تکرار شد و او حتی برای بستن بند کفش‌هایش مشکل پیدا کرد.
وقتی در پایان نخستین نیمسال تحصیلی یعنی در ژانویه ۱۹۶۳ در آغاز 21سالگی در کمبریج به خانه رفت، پدرش تصمیم گرفت او را برای معاینه به بیمارستان ببرد. نتیجه فراتر از بدترین کابوس‌هایی بود که ممکن بود به سراغ کسی بیاید. آزمایش‌هایی که روی او انجام گرفت علائم بیماری بسیار نادر و درمان‌ناپذیری به نام ALS را نشان داد.
این بیماری بخشی از نخاع، مغز و سیستم عصبی را مورد حمله قرار می‌دهد و به‌تدریج اعصاب حرکتی بدن را از بین می‌برد و با تضعیف ماهیچه‌ها فلج عمومی ایجاد می‌کند به‌طوری‌که به مرور توانایی هرگونه حرکتی از شخص سلب می‌شود. معمولا مبتلایان به این بیماری بی‌درمان مدت زیادی زنده نمی‌مانند و این مدت برای استیون بین 2 تا 3سال پیش‌بینی شده‌بود. هاوکینگ به کمبریج بازگشت و به حالت افسردگی هراسناکی فرورفت.
خودش بعدها تعریف کرد که آن شب دچار کابوسی شد و در خواب دید که محکوم به اعدام شده‌است و او را برای اجرای حکم می‌برند و در آن موقعیت حس کرد که هر لحظه زندگی چقدر برایش ارزشمند است. بعد از بیداری به یاد آورد که در بیمارستان با یک جوان مبتلا به بیماری سرطان خون هم‌اتاق بوده و او از فرط درد چه فریادهایی می‌کشید.
پس خود را قانع کرد که اگر به یک بیماری بدون درمان مبتلاست اما لااقل درد نمی‌کشد. به علاوه طبع لجوج و نقادش که هیچ‌چیز را به آسانی نمی‌پذیرفت هشدار داد که از کجا معلوم که پیش‌بینی پزشکان درست باشد و چه بسا که از نوع اشتباه‌های کتب درسی باشد. خودش درباره معلولیتش گفته است: اگر معلول هستید این مسئله به‌احتمال خیلی زیاد تقصیر شما نیست و از طرفی نمی‌توان دیگران را به‌خاطر این شرایط سرزنش کرد.
آدم باید نگرش مثبتی نسبت به همه‌‌چیز داشته باشد و بهترین بهره را از شرایطی که در آن قرار می‌گیرد، ببرد. اگر فردی به لحاظ جسمی معلول است باید درنظر داشته باشد که فردی دیگر از نظر ذهنی از این مشکل رنج می‌برد. به‌نظر من انسان باید روی فعالیت‌هایی تمرکز کند که در آنها ناتوانی جسمی نقشی در نتیجه کار ندارد. علم ازجمله حوزه‌های مطلوب برای افراد معلول به شمار می‌رود زیرا بخش اعظم کار در ذهن صورت می‌گیرد.
