مجلس خبرگان رهبری، آیتالله خامنهای را بهعنوان جانشین امام خمینی ره و رهبر ایران انتخاب کرد
رهبری
در رأیگیری شرکت نکرد و مخالفتش را اعلام کرد اما در نهایت 68عضو خبرگان رهبری که از فقها و مجتهدین بودند به رهبری ایشان رأی دادند. آیتالله خامنهای که تا آن زمان رئیسجمهور جمهوری اسلامی ایران بود بهعنوان جانشین امامخمینی(ره) انتخاب شد. به نظر میرسد که بعد از عزل آیتالله حسینعلی منتظری از قائممقام رهبری در فروردین 1368، امامخمینی(ره) با زمینهسازی در تغییر قانون اساسی و ذکر این عنوان که شرط مرجعیت از رهبری حذف شود به رهبری فردی تمایل نشان داده بودند. در مجلس خبرگان رهبری آنطور که بعدها جزئیات مفصل آن در مستند «روایت رهبری» برای نخستینبار منتشر شد 2بحث رهبری جمعی و رهبری فردی مهمترین مباحث جلسه بود. براساس شواهد تاریخی در مرحله اول رأیگیری بیش از 20نفر به شورای رهبری رأی دادند و 45نفر با رهبری فرد موافق بودند. اینکه چه کسی رهبری شود در این بخش موردبررسی قرارگرفت. در مجلس خبرگان اسامی برخی از مراجع تقلید از جمله آیتالله گلپایگانی مطرح شد که موردقبول اکثریت مجلس قرار نگرفت. در نهایت نام آیتالله خامنهای از سوی برخی از جمله آیتالله هاشمی رفسنجانی با عنوان اینکه امامراحل نیز در این مورد نکاتی فرمودهاند، مطرح شد. تمایل مجلس خبرگان به آیتالله خامنهای به صورتی درآمده بود که خود ایشان بهعنوان مخالف سخنرانی کرد. مرحوم آیتالله حائری شیرازی در خاطراتی که بازگو کرده است میگوید: «خود آقا هم نظرش بر شورایی بود، ولی نظر من بر رهبری فردی بود، آمدند گفتند مخالفین شورا قیام کنند، یقین هم داشتند 30نفر بلند میشوند، بیشتر مینشینند نگاه کردند دیدند به خواست خدا خیلی جمعیت ایستادند، شمردند دیدند اکثریت است، دوباره شمردند، باز گفتند یکبار دیگر بشمریم، دیدند اکثریت است و دیگر کاری نمیتوانستند بکنند و اعلام کردند نظر خبرگان رهبری فردی است، تا گفتند رهبری فردی، یکی از این خبرگان اسم رئیسجمهور را آورد و گفت ایشان، چون اینهایی هم که شورایی میگفتند اسم ایشان را هم در قضیه میآوردند، مشترک بود. یک دفعه ایشان بدون وقت گرفتن و بیقانون آمدند پشت تریبون، رنگ ایشان سرخ شده بود، گفت میدانید میخواهید چه بر سر من بیاورید؟ التهاب شدید داشت، یک دفعه شورای نگهبانیها گفتند آقاجان چرا جلوی اجرای قانون را میگیرید؟ ایشان چیزی نگفت. رفت سر جایش نشست. رأیگیری کردند چهار پنجم رأی به آقای خامنهای دادند، عصر بود، مجلس تمام شد آقای جنتی به من گفتند برویم سر سلامتی به حاج احمدآقا بدهیم، به اتفاق ایشان رفتیم، هنوز خبر منتشر نشده بود به حاج احمدآقا گفتیم خبرگان آقای خامنهای را به رهبری انتخاب کردهاند، یک دفعه ایشان گفت دل امام را خوشحال کردید». با توجه به عدم رأیگیری تغییر قانون اساسی و برداشته نشدن قید مرجعیت آنطور که در اسناد منتشر شده است، رهبری آیتالله خامنهای با قید موقت تا زمان رأیگیری قانون اساسی مطرح شد و بعد از اینکه تغییر قانون اساسی موردتأیید مردم قرارگرفت دوباره مجلس خبرگان رهبری آیتالله خامنهای را در جلسه بعدی قطعی و نهایی کرد.