سال 1391بود که حمیدرضا حاجی‌بابایی، وزیر اسبق آموزش و پرورش دست روی پژوهشگاه مطالعات آموزش و پرورش گذاشت و گفت که این نهاد باید در سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی ادغام شود؛ این تصمیم حاجی‌بابایی در زمان خود سروصدای زیادی در آموزش و پرورش به راه انداخت و مخالفت‌های جدی‌ای را از سوی اعضای هیأت علمی پژوهشگاه به همراه داشت اما در نهایت او موفق شد که پژوهشگاه را در بدنه سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی که کار اصلی آن تالیف و نشر کتاب‌های درسی است، ادغام کند تا به قول خودش در کوچک‌سازی‌ دولت قدمی برداشته باشد.