یکی از چالش‌های اصلی طرح تحول سلامت نبود نظام ارجاع و پزشک خانواده است و مهم‌ترین گامی که برای اجرایی شدن نظام ارجاع باید برداشته شود، الکترونیکی شدن دفترچه‌های درمان و پرونده‌های الکترونیک سلامت در کشور است.