باوجود اعتراضات گسترده فعالان دانشجویی و اجتماعی، استادان دانشگاه و کارشناسان به تغییر و تحولاتی که در هفته‌های گذشته در دانشگاه آزاد اسلامی رقم خورده است و اخراج تعداد زیادی از استادان این دانشگاه که در بین آنها تعداد زیادی استاد برجسته دیده می‌شوند، علی اکبر ولایتی، رئیس هیأت مؤسس و هیأت امنای دانشگاه آزاد گفت: این فضاسازی‌ها، القای شبهه از سوی کسانی است که منافع آنها در دانشگاه آزاد اسلامی به خطر افتاده است.
فضاسازی‌هایی که او از آن صحبت می‌کند به اخراج استادان دانشگاه آزاد همچون صادق زیباکلام استاد علوم سیاسی و افتخار جهرمی استاد سرشناس حقوق و همچنین تغییر و تحولات ساختاری در دانشگاه‌ها و دانشکده‌های دانشگاه آزاد همچون واحد علوم و تحقیقات که شاهد ادغام گروه‌های مختلفی بوده است،بازمی‌گردد؛ اقداماتی که پشت همه آنها یک نام وجود دارد و آن هم «فرهاد رهبر» رئیس دانشگاه آزاد اسلامی است که همچون علی اکبر ولایتی بعد از فوت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی و تغییرات مدیریتی در این مجموعه بزرگ دانشگاهی، مستقر شد و انقلابی در این مجموعه رقم زد.
البته ولایتی با حمایت از فرهاد رهبر و در دفاع از او گفته است: «همکاری تنگاتنگی بین من و فرهاد رهبر، معاونان وی و مدیریت اجرایی و علمی دانشگاه آزاد اسلامی وجود دارد.» به گزارش روابط عمومی دانشگاه آزاد اسلامی، علی‌اکبر ولایتی درخصوص شایعه استعفای فرهاد رهبر از ریاست دانشگاه آزاد اسلامی گفت: «این حرف کاملا نادرست است. ما از وجود فرهاد رهبر به‌عنوان یک فرد باتجربه و عالم که سابقه بسیار ارزشمندی در مدیریت دانشگاه دارد، استفاده می‌کنیم.
یکی از موفق‌ترین دوره‌های ریاست دانشگاه تهران زمانی بود که فرهاد رهبر رئیس این دانشگاه بود. ما از اینکه فرهاد رهبر ریاست دانشگاه را برعهده دارد، خوشحالیم و همکاری تنگاتنگی بین من، فرهاد رهبر و مدیریت اجرایی و علمی دانشگاه آزاد اسلامی وجود دارد و چنین موضوعی به هیچ وجه صحت ندارد.»
