شیخ‌علی لر فدائیان را کتک زد

رابطه آیت‌الله‌بروجردی، مرجع عام شیعیان جهان، با نواب صفوی و فدائیان اسلام به هیچ‌وجه خوب نبود، حتی درگیری و زدوخوردی میان طرفداران‌شان نیز به‌وجود آمد. 
آیت‌الله‌بروجردی براساس اسناد، با رویه سیاسی و مذهبی فدائیان مخالفت می‌کرد. ایشان اعمال نواب صفوی و یارانش را خارج از وظایف طلاب دینی می‌دانست و حتی با لفظ اینکه آنها طلبه نیستند نیز با حضورشان در قم و مدارس دینی مخالفت می‌کرد. فدائیان اسلام نیز در اعلامیه و سخنرانی‌های خود از رویه حاکم بر حوزه‌های علمیه انتقاد می‌کردند، به‌صورتی که در برخی از اعلامیه‌ها از «علمای ساکت» حوزه‌های علمیه سخن می‌گفتند. 
داستان فدائیان اسلام و مرجع بزرگ شیعیان جهان به‌صورتی درآمد که اداره کارآگاهی شهربانی از درگیری فدائیان اسلام (طلبه‌های معترض) با نزدیکان آیت‌الله‌بروجردی و واکنش ایشان در قم گزارشی به تهران ارسال کرد. این سند گویا روایت معروف نزاع دعوای طلبه‌های خرم‌آبادی به سرکردگی فردی از نزدیکان بیت آیت‌الله‌بروجردی به نام شیخ‌علی لر است که با چوب، طرفداران و برخی از اعضای گروه فدائیان اسلام را مورد ضرب‌ و شتم قرار دادند و از قم بیرون کردند. در ماجرای اعدام فدائیان اسلام نیز تلاش‌های بسیاری شد که آیت‌الله‌بروجردی از نفوذ خود برای اعدام نکردن نواب صفوی و یارانش، با توجه به اینکه سید بود استفاده کند، اما این گمانه مطرح است که آیت‌الله‌بروجردی یا این درخواست را رد کرده یا اینکه دیر دست به‌کار شده تا درنهایت سید و یارانش به جوخه اعدام سپرده شدند. آیت‌‌الله‌سیدحسین بُدلا در خاطرات خود گفته است: «آیت‌‌الله‌بروجردی، پس از شنیدن خبر شهادت این آقایان، بسیار متأثر شدند، به‌طوری که ملاقاتی را که ما روزانه با ایشان، به‌خاطر کارمان داشتیم، آن روز تعطیل کردند و فرمودند: از ناراحتی حال هیچ کاری را ندارم».