در کنار رفت وآمد قابل توجه چهرههای حوزوی به دفتر آیت الله شبیری زنجانی و دلجویی از ایشان، نامه جنجالی آیت الله محمد یزدی از منظر دیگر نیز خبر ساز شده و آن هم عیان شدن برخی اختلافات در میان اعضای جامعه مدرسین است که ریاست شورای آن را آیتالله یزدی بر عهده دارد؛ چنان که همان روز انتشار نامه یعنی 28 مهر ماه آیت الله عندلیب همدانی، عضو شورایعالی جامعه مدرسین از عضویت در جامعه مدرسین اعلام استعفا کرد. آخرین خبرهای غیر رسمی منتشر شده از جامعه مدرسین نیز حکایت از این دارد که آیت الله یزدی پیش از انتشار نامه خود به آیتالله شبیری زنجانی آن را در میان هیات رئیسه به رای می گذارد و هیچ یک از اعضا با نامه اعلام موافقت نمی کنند ،هرچند که در ابتدا از آیتالله محسن اراکی به عنوان تنها موافق در این ماجرا نام برده می شد اما خبر موافقت او به صورت غیر رسمی در گفتوگو با یک فعال رسانه ای تکذیب شد . دفتر آیت الله محسن اراکی اصل این ادعا را تکذیب کرد و در گفتوگو با فارس تاکید کرد : هیچ جلسهای بین آقای یزدی با برخی دیگر از اعضای جامعه مدرسین برای انتشار نامه برگزار نشده است .
مخالفت جامعه مدرسین با نامه آیت الله یزدی
در همینه زمینه :