مسجد ساده و بی‌آلایش مظفری تاریخچه جالبی دارد. در شبستان این مسجد قبری کهن وجود دارد که آن را به مکانی خاص برای علاقه‌مندان به تاریخ تهران تبدیل کرده است؛ مزار «ملا آقابابا» خاخام معروف یهودی که در دوره فتحعلی‌شاه قاجار مسلمان شد.
آغوش محله هرندی از دیرباز به روی مهاجران شهرها و روستاهای مختلف ایران باز بود و حاصل این حسن برخورد، ساخت اماکنی برای ادای فرایض دینی متناسب با آداب و رسوم اهالی هر قوم مهاجر بود. در این بین، حضور آذری‌ها را با ساخت چندین مسجد معروف در محله هرندی می‌بینیم.
