پس از واقعه مسجد فیضیه قم، آیت‌الله حکیم که یکی از مراجع بزرگ شیعیان عراق بود، در نامه‌ای ضمن تسلیت به امام خمینی، پیشنهاد داد که علما و مراجع ایران در اعتراض به حمله رژیم پهلوی به عراق مهاجرت کنند.
روز 13خرداد1342 پس از ماه‌ها کشمکش که پس از واقعه فیضیه قم به‌وجود آمد، آیت‌الله خمینی، یکی از مراجع شیعه مقیم قم که از سال1341 علم مبارزه با رژیم شاه را به دوش گرفته بود در سخنرانی بسیار تندی شاه را مورد خطاب قرار داد.
