مهم‌ترین جرائمی که دادگاه ویژه اقتصادی به آنها رسیدگی می‌کند عبارتند از: پولشویی، قاچاق کالا و ارز سازمان‌یافته و حرفه‌ای و اخلال در نظم اقتصادی کشور، کلاهبرداری از وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و شرکت‌های دولتی و بانک‌های دولتی و خصوصی، تبانی در معاملات دولتی، اختلاس، رشا و ارتشاء و ....