با اینکه موزه شاه نعمت‌الله ولی ماهان در اختیار اداره اوقاف بوده است، با سرقت چند نسخه خطی ارزشمند قرآن و سکه‌های تاریخی به‌عنوان میراث مشترک همه ایرانیان، اداره میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی کرمان پیگیری‌‌های لازم را انجام می‌دهد و برای تجهیز ایمنی موزه‌ها اعلام آمادگی می‌کند.