قسمت اصلی رسیدگی به امور مهاجران در یکی از ارگان‌های زیرمجموعه وزارت کشور با عنوان مرکز امور اتباع و مهاجرین خارجی انجام می‌شود، اما مسائل مهاجران آنقدر فراگیر است که دستگاه‌های مختلف، از نیروی انتظامی تا حوزه درمان را درگیر کرده است.